Hallo Gabriel,
willkommen im Forum. Dass du Fragen hast, obwohl du das Buch verstanden hast, finde ich normal. GTD ist ja nur eine Methode, die Wahl der Werkzeuge ist frei. Und da geht es für viele dann schon los.
Erst mal eine Frage von mir: Was machst du mit den post-its? Ich habe das Buch nicht 100%ig im Kopf, ich hab keine Vorstellung, wofür die post-its dienen.
Und noch eine Frage: Welche Details willst du ggf. durch Fotos erläutern?
Zu deinen Fragen: Ich beschreibe dir mal grob, wie ich das vom Werkzeug her mache.
Eingangskörbe
Warum hast du drei Eingangskörbe? Oder sind zwei davon etwas anderes? Ich habe beruflich einen für Papier (Post oder intern), einen für E-Mail (inbox). Und fertig. Keine Mailbox, kein Anrufbeantworter, kein Diktiergerät. Jeden Eingangskorb muss man leeren. Weniger ist besser.
Listen
Es ist wurscht, ob du die Listen auf Papier oder elektronisch führst. Hauptsache du führst sie und du pflegst sie regelmäßig. Da hilft ein Werkzeug, das dir (=DIR) Spaß macht. Papier hat den Vorteil, dass man sofort loslegen kann. Bei der Elektronik gibt es Spielkinder, die mehr Zeit damit verbringen, nach "dem" Programm oder "der" App zu suchen als damit, GTD umzusetzen und anzuwenden. Aber gut, jedem sein Hobby.

Auch die Papierfraktion vertüddelt sich manchmal in schönen Notizbüchern.
Ich persönlich liebe mein Atoma-Notizbuch. Es verbindet die Vorteile eines Ringbuchs (Seiten einsortieren, umsortieren) mit den Vorteilen eines Kolleg-Blocks (vollständig umschlagbar und damit platzsparend, flache Mechanik und damit bequemes schreiben auf der linken Seite). Papier ist mein Ding. Ich bin ein Kritzler und Skizzierer. Bevor ich Atoma entdeckte, habe ich jahrelang Kollegblocks benützt, schon vor GTD. Elektronik habe ich vor Jahren in Form eines Palm ausprobiert, Katastrophe - aus den Augen, aus dem Sinn...
DAs berühmte Kontextlisten habe ich so gut wie nicht. Neben meiner NA-Liste habe ich einen Einkaufszettel.

Und zeitweise führe ich Listen für bestimmte Orte, wenn es Dinge gibt, die ich nur dort erledigen kann. Das ist projektabhängig. Für regelmäßige Besprechungen ist meine "Liste" aber eine Classei-Mappe, da werfe ich einen Zettel mit nem Stichwort rein, damit ich das bei der Besprechung dann nicht vergesse. Oder beim verfassen meiner Tagesordnungspunkte. Aber Listen "am Telefon" oder "am Computer" führe ich nicht, das ist alles in meiner NA-Liste bunt gemischt, maximal durch Kürzel unterschieden. Telefon und Computer sind für mich auch fast ständig verfügbar. Warum also separat listen? Vergiss nicht, DAs Kontextlisten sind SEINE Listen, das ist kein Gesetz. Das darf man passend machen.
Meine Meinung: Fang mit einer (1) Liste an und splitte erst, wenn eine Liste zu unübersichtlich oder unpraktikabel wird. Ich bin sehr streng mit dem Begriff "next action". "Übernächst action" findet sich nur selten in meiner Liste. Entweder ergibt sich das eh auf der NA (ich meine, ich bin ja nicht blöd, ich habe genug Berufserfahrung um meinen Job zu verstehen und zu machen ohne jeden Schritt aufzuschreiben) oder es ist noch nicht dran und deshalb in der Wiedervorlage (siehe unten). Meine Liste ist daher kurz und übersichtlich.
Referenzmaterial
Die Idee ist, dass Infomaterial schnell weg sortiert ist und schnell wieder zur Hand. Classei-Mappen sind deshalb nett, weil die Ablegerei schneller geht. Kein Locher, kein Ordner aus dem Regal nehmen, öffnen etc. Und man sortiert mit den Mappen (oder Aktendeckeln) feiner. Was für Rechnungen hast du denn als Referenzmaterial? Musst du auf die regelmäßig zurück greifen? Oder bewahrst du sie auf für die Steuer? Dann zum Steuerkram des betr. Jahres. Oder für den Fall eines Garantiefalles? Dann würde ich eine Mappe "2012" anlegen, die du dann Ende 2014 auflösen kannst, wenn die typischen 2 Jahre rum sind.
Projektmaterial
Das Papiermaterial zu beruflichen Projekten habe ich teilweise in Eckspanner-Mappen, teilweise in Leitz-Ordnern., teils in Stellordnern. Private Projekte sind eher Projektchen. Die sind in Classei-Mappen. Manches hat eine Dauermappe, "Urlaub" z.B., da ist eben immer das aktuelle Zeug für Urlaube drin. Oder eine Mappe für ein jährliches Familienfest.
43 Folder
Da ist einfach nur eine papierbasierte Wiedervorlage. Ich nutze das, damit ich Termine nicht vergesse (X sollte bis zum soundsovielten etwas liefern), ich verschiebe damit Aufgaben (Y ist vor dem soundsovielten nicht aus dem Urlaub zurück, ein Anruf erst danach sinnvoll). Für regelmäßige Termine wie Geburtstage oder Steuertermine schickt mir Google Calender eine E-Mail.
GTD gelesen 11/2007 +++ GTD umgesetzt seit 04/2008 +++ mein Werkzeug ist ein Atoma-Buch in A4